员工擅自复制公司机密资料是否违法，取决于多种因素。倘若所复制内容涉及公司的商业秘密、受著作权法保护的文艺作品或其他有重大价值的保密信息，且这一行为违背了公司内部规定及保密协议，此举则涉嫌违法。处置方法包括：
立刻阻止员工的不当行为，封存相关资料以防进一步泄露；
对被复制资料进行评估，明确其性质与潜在损失；
搜集证据，如复制记录、公司制度档以及保密协议等。如损失严重，可考虑向公安部门报案或通过民事诉讼追究员工的赔偿责任。此外，企业还需完善保密制度并强化技术手段，以此加强重要资料的管理力度。

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