员工工资被扣减是否违法，需依情况而定。缺少合理解释如未按劳动合同约定支付工资，或未遵守合法薪酬计算及绩效考核制度等，导致工资减少数百元，则极有可能构成违法。根据《劳动法》与《劳动合同法》，用人单位应按时足额发放劳动报酬，且须符合劳动合同约定及国家相关规定。若员工对工资减少产生质疑，可要求用人单位解释缘由。若用人单位仍不纠正，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以保障自身权益。然而，若因员工个人原因，如迟到、旷工等违纪行为引发的合理扣款，则不视为违法。

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