清王朝在行政机构设置上，有两个机构是历代所无的，一为军机处，这是集权的产物；一为总理各国事务衙门，则是开放的产物。
　　
　　军机处的前身可以追溯到康熙创设的南书房。南书房择词臣才品兼优者入值，充皇帝顾问，撰述谕旨。康熙此举，已有将继承自明制的内阁与清王朝传统的议政王大臣会议撇在一边的意思。雍正继位之后，弃南书房不用，另立军机处，时为雍正七年（1729），因西北用兵，皇帝认为原来的传宣承旨机构内阁设于太和门外，有漏泄机密的风险，便在隆宗门内设置军机房，选择办事谨密的大臣入值缮写谕旨，辅佐皇帝处理军机要务。后军机房改称办理军机处，成为定制。
　　
　　军机处诞生于战时，具有战时体制的特色，同时也因袭了南书房的皇帝机要秘书处性质。严格来说，军机处并不是一个在编的官僚机构，因为它不设正式的衙署，只有一个简单的值班场所，称值房；也不置专官，军机大臣（政务官）与军机章京（事务员）均以原官兼职、入值的名义进入军机处，既无品秩，也无俸禄，人选完全出自皇帝的自由意志，皇帝想叫谁入值，谁就是军机大臣；皇帝当然也可以随时叫军机大臣退出军机处，回到本衙门，不需要经过任何程序。总之皇帝召之即来，挥之即去。军机大臣的职务也只是承旨办事，只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间，晚清的梁任公干脆将军机处比喻为写字机器：军机大臣之奉上谕，则如写字机器将留声机器所传之声，按字誊出耳。