第一梯队成功登陆 24日深夜潮涨之时，由二十八军八十二师二四四团、八十四师二五一团和二十九军八十五师二五三团组成的进攻金门第一梯队，分别从莲河、大嶝岛、后村等地启航。由于渡海前各部队没有进行协同演练，所以，登陆船队一离开码头，即与上级指挥所失去联系，而且在航渡中遭到国民党炮火拦截时，登陆船队间又缺乏协同作战的经验，一些船只在航渡中即被打散。
尽管如此，我第一梯队的3支登陆部队在25日凌晨2点分别登陆成功。左翼二四四团在金门岛琼林、兰厝间登陆成功，抓获国民党官兵100余人，占领了敌十多个碉堡;中路的二五一团先头营在金门岛西北部的安歧以北、林厝以东顺利登陆后，后续营的登陆却遭到敌炮火的猛烈袭击，伤亡近1/3;右翼二五三团在西北角的古宁头、林厝间顺利登陆后，随即向敌发起进攻，于拂晓前攻占了古宁头滩头阵地。
第一梯队登陆成功之前，二十八军前指已分别安排了3名军部参谋负责组织船队返航。临行前，该军副军长握着3位参谋的手说："你们别无其他任务，你们的任务就是组织和督促船队抵滩登陆后迅速返航，切记!切记!一定要迅速返航!"可是，登陆部队成功登陆之后，船队却没有返航。 原来，第一梯队船只登陆时，在早晨2点钟左右，是涨潮的最高峰，国民党军原先设在海滩的障碍物多被潮水覆盖，许多船只冲到障碍物的上面，船底被挂住了，部队被迫在障碍物中下水，而船只却一时难以动弹，加上当时敌人的火力较猛，船工们纷纷躲避，各船抵滩也有先有后，等到我军攻占了滩头阵地后，将到处藏身的船工召回返航时，大海已开始退潮，而且退得极快，不一会儿，潮水已经退到10米开外。
这几十艘返航的船只在离开金门岛时，又遭到敌滩头的排炮袭击，不少船只被击沉、击伤。后来，船队遇到国民党海军军舰的拦截，从古宁头返航的船队莫名其妙地误驶入敌军舰潜伏区，后又被我军情报船误当成国民党的增援船队，竟离奇地被我军布置在厦门岛、石码一线的远程炮群全部击沉。
25日上午6时，萧锋副军长、八十五师师长兼政委朱云谦等心急如焚。已经放亮的天空下，留下了一片惨烈的景象：指挥员们隔海看到了在敌军轰炸和炮击中燃烧的船只，原定运送11000人登岛作战的第二、第三梯队计划已经难以实施。无可奈何之中，他们向兵团领导请求立即派船只支援，可此时哪里还有什么船只? 惨烈的金门攻守战 我军的强打猛攻给国民党的守军以极大的杀伤，为了保住台湾岛的前沿阵地，为了给台湾岛留下一个屏障，蒋介石决定不惜一切代价守住金门岛。
25日凌晨4点，国民党海防第二舰队司令黎玉玺少将受命率舰队旗舰"太平"号，自澎湖基地开往金门岛增援。黎玉玺到达金门之前，已令驻守金门岛的国民党海军进行海上封锁。同时，胡琏兵团的十八军一一八师、十九军十四师、十九师五十二团和十一师的一个团，在坦克和炮兵的配合下于25日凌晨从料罗湾登陆。当时，解放军登陆部队离滩头阵地已达十多里路，胡琏看到这一情况，下死命令将该兵团主力十八军投入战斗，来了个反包围，又派迂回部队占领了解放军滩头阵地，切断解放军后撤的退路，并用炮火将解放军登陆部队因潮水退却而搁浅的船只全部击毁。
解放军二四四团长邢永生，带领全团战友一直顽强战斗到25日中午12点，在全团官兵大多牺牲的情况下仍坚守阵地。二五一团的主力则一直与敌激战到下午3点，之后突出重围，与古宁头的二五三团会合。
二五一团副团长冯绍堂带领固守林厝的两班战士，苦战了整整9个小时，打退了敌人的7次进攻，后来为保存实力，也主动突围到古宁头与二五三团会合。 我3支登陆部队在敌强我弱的情况下，一齐会合至古宁头与敌激战。
整整一天一夜，我军滴水未进，而数倍于我的敌人则仗着人多势众，不断地轮换着包围解放军登陆官兵。就这样，战斗一直坚持到25日的黄昏，官兵们借助夜幕才又赢得了一个有利的作战时机。至此，解放军3个团的登陆兵力已损失半数以上，据岛上步话机的报道，第二四四团仅剩700多人，第二五一团剩下1200多人，第二五三团剩余人数较多，但弹药却十分缺乏。而国民党军队在黄昏前又投入较多兵力，企图将解放军首批登陆部队全部歼灭于古宁头，后被解放军借助夜幕打退。
弹尽粮绝攻击失利 整个金门岛战役，10月25日晚至26日天亮前的一夜，是决定整个战斗成败的关键。当时，面对隔海的金门岛，我十兵团和二十八军前指的指挥员心急如焚。十兵团领导机关一面研究作战对策，一面再度派人搜罗船只。虽经多方努力，所汇集的船只只够载送4个连的兵力。二十八军前指决定由第二四六团团长孙玉秀，率领该团两个连及二五九团两个连，增援金门第一梯队登陆部队，并决定由孙玉秀负责整个登陆部队的指挥。 25日夜间，国民党部队最为担心的就是解放军进行增援，因此派飞机在海面上巡逻，并投掷了大量的照明弹。"太平"号旗舰也率两艘炮艇往返巡行于古宁头以北的海面上，拦截一切从大陆来的船只，并不断向大陆及古宁头方向炮击。面对如此困境，孙玉秀带领4个连的官兵，不顾炮火袭击，机动灵活，利用夜幕的掩护躲过了国民党海空军的巡查，终于在25日凌晨3时分别在湖尾乡和古宁头登陆成功。 4个连分成两部分，从湖尾乡登陆的孙玉秀带领有二四六团的两个连，一登陆即歼灭了国民党军1个营，随后又向双乳山一带推进，并积极与第一梯队取得联系。从古宁头登陆的二五九团的两个连，一上岸就走进被国民党部队封锁了的区域，他们只得利用火力占领了几个碉堡，然后依据这些碉堡顽强抗击了整整一天，直到26日夜间弹尽粮绝而失利。
26日凌晨，我第二梯队登陆的孙玉秀与第一梯队登陆部队取得了联系。不过，由于第二梯队增援人数实在太少，众寡悬殊且四面受敌而无法改变战局。26日，是我进攻金门岛极为悲壮的一天。天亮后，岛上的情况急剧恶化，经过休整的国民党驻岛主力部队，又一次在海空军掩护下向古宁头、林厝、埔头一带猛烈反扑。据当天上午接到登陆部队传来的报告称，我二五一团、二五三团现存人数不过数百人!
26日上午，胡琏兵团赶到金门，和汤恩伯等一起到前线督战。国民党步兵对古宁头久攻不下，胡琏、汤恩伯等要求台湾派飞机对村中建筑猛轰狂炸，再用坦克炮和火箭筒逐一抵近民房射击。
26日深夜，早已弹尽粮绝、两昼夜未进粒米的我登陆部队已难以支持，孙玉秀、邢永生、刘天祥、田志春、徐博、陈利华在一个山沟里举行了临时作战会议，鉴于我军登陆的10个营已伤亡5000多人，已没有完整的连和营，决定将所存部队分为几股打游击，同敌人周旋到底。
22时，二十八军前指在毫无办法可施的情况下，电告登陆部队，为保存最后一分力量，希望前线各级指战员机动灵活，从岛上各个角落，利用敌人或群众的竹木筏及船只，成批或单个越海撤回大陆，我们沿海各地将派出船只、兵力、火器接应和抢救撤回的人员。
26日深夜之后，二十八军前指与登陆部队的联系逐渐中断。
27日凌晨，我二五三团团长徐博来电说，该团一营600多官兵已在古宁头全部牺牲，剩余的150多人和二四四团的70多人正准备到海边找船，这是二五三团最后一次来电，之后，就音讯杳无了。二五一团团长刘天祥最后一次同军前指通电说，我的生命不长了，为了革命没二话，祝首长好，新中国万岁!共产党万岁!毛主席万岁!刘团长的话还未说完，耳机内传来一阵爆炸声，刘团长光荣牺牲了。
26日午夜，我登陆部队在夜幕的掩护下向北突围，在海边寻船未获的情况下朝东南方向转移，准备到山区与敌人长期周旋，以等待后续部队的到来。27日上午，这部分官兵被敌发现，随即突围至双乳山附近。接下来再度与敌遭遇，激战中，我官兵又一次完成突围。然而，我完成突围的官兵遭到了国民党海军军舰的炮击，这些军舰绕到古宁头北面海上，用舰炮向地面炮火射击不到的死角轰击，在敌海陆武器的夹击下，有武器的官兵一直战至牺牲，没有弹药的官兵被俘。至27日上午10点，金门战斗基本结束。 金门战斗结束，我少数突围成功的官兵仍坚持在山区打游击战，一直到28日下午，我军官兵仍在山崖、浅滩处与敌军周旋，在二四六团团长孙玉秀的带领下，悄然到达沙头。遗憾的是，在沙头附近再度被国民党军队合围，在突围无望的情况下，孙玉秀负伤后自尽，其余战士全部被俘。我二四四团团长邢永生负重伤后被国民党军队包围，被俘后不久即牺牲。我二五一团团长刘天祥牺牲后，政委田志春率50人打游击，终因弹尽粮绝被俘。我二五三团政委陈利华在打游击中被包围，战至最后牺牲。另据台湾出版的战史称，二五三团团长徐博隐藏在山洞一个多月，靠夜间出来到农田中挖番薯过活，后经国民党部队反复搜山而被俘。至此，我登陆部队包括船工、民夫在内的9086人，除部分被俘外，大都壮烈牺牲。 叶飞含痛请求处罚 金门之战的失利，引起了全军、全国的震动，这次失败在我军战史上也是极其罕见的。过去战史上几次失利如长征中的湘江之战、红军西路军的失败及皖南事变损失人数也不少，但却没有一次是全军覆没，而这一次，却损失了全部投入作战的3个团9000多人!
金门失利后的第二天，二十八军副军长萧锋和政治部主任李曼村，面色惨白、失声痛哭地来到兵团叶飞司令员的办公室。叶飞司令员惨痛地对他们说："哭什么，哭解决不了问题，现在你们应该鼓励士气，准备再攻金门!这次失利，我身为兵团司令员，由我负责，你们回去吧。"萧锋、李曼村刚刚离开叶飞司令员的办公室，叶飞就收到了第三野战军的批评："查此次损失为解放战争以来最大者，其主要原因是因为轻敌和急躁所致。"同时，要求十兵团"将此次经验教训深加检讨"。
11月1日，十兵团党委扩大会在厦门老虎山洞召开。叶飞在会后给陈毅司令员起草电报，并报中央请求处分。毛泽东当时表示："金门失利，不是处分的问题，而是要接受教训的问题。"11月8日，毛泽东又提出："以3个团去打敌人3个军，后援不继，全部被敌歼灭，这是解放战争三年多以来第一次不应有的损失。"中央军委同时命令叶飞总结经验，接受教训，准备再次攻金。
事件结果
1950年，朝鲜战争爆发，毛泽东决定停止解决金门的任务，集中全力剿匪。这样，叶飞将军和我十兵团的将士失去一次将功补过的机会。
