通常情况下，棋牌室员工在店内住宿并无不当之处。
然而，必须审慎注意以下几点：
首先需确保棋牌室具备适宜居住环境，同时符合消防、卫生等相关安全标准；
其次，需关注店铺产权及租赁合同规定，如产权方或合同明文禁止居住，则员工入住便有违协议约定；
最后，若员工居住对周围居民日常生活造成困扰，可能引发邻里纠纷，进而导致法律问题。
总而言之，员工在店内居住行为本身合法，但需遵循相关法规与约定，且不得对他人产生负面影响。

以上是律师的法律建议，如有疑问，欢迎进一步咨询。