公司能否扣除底薪需根据实际情况判断。
一般情况下，若无合法缘由及充足解释，擅自降低员工底薪即为非法行为。
例如，劳动合同时有注明底薪金额，且员工未出现严重违反制度、给企业造成重大损失等应扣薪项目，此时公司扣薪则违反了合同原则与法律法规。
反之，若员工有长期旷工、失误致公司损失等不当行为，同时企业内部规章制度有明文规定可扣薪，又已通过合法制定程序及公告方式告知员工，在此情况下，酌情扣薪或许合法。
建议首先与公司沟通过程中弄清扣薪原因及依据，如认为不合理，可搜集相关证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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