日军于1942年1月2日占领马尼拉在确保滩头阵地安全后，日军发动一个大型钳形攻势，在当地防守的3个菲律宾军步兵师被日军击退，面对如此困境，道格拉斯·麦克阿瑟将军意识到在滩头防卫的计划已经失败，12月26日，他通知前线指挥官正或实施橙色-3战争计划，这是在战前已筹划好以利用阻击战防守巴丹半岛及科雷希多岛的行动计划，根据橙色-3计划，部队撤退入巴丹半岛，在这裹守军将重组及坚守6个月，该计划策划者相关援军将从美国本土到达，他们希望战略出现改变，就是日本人的入侵计划可能被发现。
橙色-3计划的概念是阻延日军的入侵步伐直至美国太平洋舰队能全力集结及打通往菲律宾的航道，在巴丹半岛，由于地形有利于防守，及受到在马尼拉湾防卫港口设施的守军及在附近科雷希多岛要塞的守军炮火支援，守军被预计可坚守至援军到达，美国海军已预计需要2年时间以进行横渡太平洋的战役，但如果太平洋舰队在珍珠港内被击溃，不会有任何增援到达。
与此同时，菲律宾自治领总统曼努埃尔·路易斯·奎松联同其家属及政府官员在1941年12月24日晚上和麦克阿瑟及美国远东军指挥部一同撤退到科雷希多岛，另外所有美国远东军军事人员亦从主要市区撤走，同日马尼拉被宣布为不设防城市，而日军则在1942年1月2日占领马尼拉。
麦克阿瑟将军希望将部队、装备及物资完整地撤退到预定防线上，他统率由乔纳森·温莱特指挥的北吕宋部队以阻挡日军的主要进攻及保障由乔治·柏加将军指挥的南吕宋部队通往巴丹半岛的道路，当时该部队正从十分混乱的秩序恢复过来，为达成该目的，温赖特跟据橙色3号计划将部队分派到5条防线上：
D1 - 阿吉拉尔经圣卡洛斯市到乌坦尼塔市
D2 - 阿格诺河
D3 - 圣伊格纳西亚经赫罗纳经金巴到圣何西
D4 - 打拉到甲万那端
D5 - 班班到圣米格尔
从1942年1月1日—5日，当整个美国远东军从南北两面后撤时，它们实施一连串阻击以撤入巴丹半岛，最血腥的战事在波拉克-皮晋查防线爆发，在这里由威廉斯·布洛芙和马刁·卡宾准将指挥的菲律宾第11及第21师加上由克林顿·皮尔斯上校率领的第26骑兵旅防守，这里是开阔地形及缺乏防御工事，守军要面对日军猛烈空袭及炮击、强大的坦克攻击和高桥及田中2支步兵分遣队的轮番冲锋，双方均付出巨大代价。
橙色-3计划要求在巴丹半岛部署2条防线，第1条由半岛西部的邦班至东面的阿布凯，温莱特将军指挥新组成的菲律宾第1军共22,500人防守西部，第1军包括菲律宾第1、第31及第91步兵师、第26骑兵团、1营炮兵及自行火炮;柏加将军指挥新的菲律宾第2军，包括菲律宾第11、第21、第41及第51步兵师和第57步兵团共25,000人防守东部，所有师均在之前的战斗中被削弱及付出惨重伤亡，特别是在撤退途上，美军菲律宾师包括美军第31步兵团、第45步兵团(菲律宾童子军)及其它支援单位变成防守巴丹半岛的后备力量，纳蒂布山，1座4,222英尺(1,287米)的高山从而分隔半岛而成为2军的分界线，2个指挥官在山上部下防线，但是因为地形关系，他们没有将防线延伸到山坡上，因此2军没有直接的接触点，而在防线上留下一个重要的缺口，当撤退完成后，阿布凯-莫邦防线变成美国远东军的主要防御据点。
1942年1月9日，日军在森冈进指挥下进攻阿布凯-莫邦防线的东翼，但为坚守该地的菲律宾第91步兵师辖下的路德·史提芬将军和佐治·奇勒将军率领的第57步兵团(菲律宾童子军)，1月12日，爆发激烈战斗，第57步兵团指挥官亚历山大·奈宁格2级上尉在战斗中阵亡，他后来被追授荣誉勋章，他当时只配备手枪及手榴弹，他在肉搏战中走入日军的洞穴中，令其部队收复阿布凯大牧场，另一个勇敢的士兵是一个名叫Narcisco Salbadin的菲律奔驰兵，当日军进行一次冲锋式的进攻时，他用一挺水冷式机关枪进行扫射，杀死数十名日军，后由于机关枪损坏而再拔出其柯尔特手枪及杀死另外五名日军，当一名日军士兵用刺刀刺伤他时，他企图拔出手枪时被斩断一只手指，但他仍然坚持，后因突然的机会而拔出手枪将这名日军击毙，当另一名日军摆动刺刀刺向他时，他用步枪指向这名日军及将他击毙，Narcisco因而获得银十字奖章;另一次在1月14日的进攻是攻击分别由维森特·林及阿尔拔·钟斯指挥的菲律宾第41及51步兵师之防线，他们在第43及23步兵师的支援下击退了日军对它们左翼之进攻，但日军仍因为第51步兵师撤退而留下来空隙而进入撒利河谷，但因一支菲律宾发现这次渗透及菲律宾第21步兵师进入河谷阻击而逐回。
另一次进攻在西面的远处，一支日军突然击溃由约翰·R·包维特之菲律宾第53步兵师，该支日军沿阿普河南越过阿布凯-莫邦防线，但他们的进攻在森林中被菲律宾第21、31、51及92步兵师联合阻止，第31及45步兵师更收复了第51步兵师所弃守的防线。
1942年1月15日，得到增援的菲律宾第1步兵师在日军猛烈轰炸下坚守在万荣地区的防线，日军通过在纳蒂布山以东地区的空隙及在莫邦山区封锁道路，因而威胁该师之侧翼，菲律宾第91、71及92步兵师虽然反复进攻，但未能击退日军，日军经常在晚间进行突袭及渗透战术，之前柏加将军之第2军在撒利河战役中已经阻止了一次类似的包围，但温莱特将军的第1军依然岌岌可危，而阿布凯-莫邦防线在1月22日被弃守。
4天内，波拉克-皮晋查防线被构成，但是当日军再次进时，守军通过菲律宾第1军防守的空隙而刚刚撤退到新的防线上，布吕莫尔将军沿第2警戒线布防，包括第32、第41及第51步兵师前来增援，以阻止日军私主要进攻及堵塞缺口。
余下的日军在第11师背后的波布河及第1师后面Gogo-Cotar河通过阿布凯-莫邦防线之侧面地区，从1942年1月23日至2月17日，守军采取联合行动以减轻这些突出地带之抵制，被称为口袋战役，行动中战斗激烈，当日军尝试包围守军团，阿尔弗雷多·山度士上校指挥的第1师以更高明及巧妙的策略击败日军，在多次尝试中，其单位成功突破Gogo-Cotar及波布口袋，他因此被称为"口袋上的英雄"，因为这次英雄事迹，他被晋升为战场上的指挥官，山度士被授与一顶可怕的任务，那就是封锁突破口及彻底击溃突入防线及严重威胁该师之日军，不顾个人安全，他率领部队在MLRne及该团之后备防线之间对实力与数量上强大很多的日军发动反攻，战斗在1942年1月29日日落时展开，在坚定的决心下，守军努力不懈地及毫无停止地与敌人战斗，以收复给第1师指定防守的地区，1942年2月3日，第45步兵师的维利巴尔德·毕安基上尉率领一排菲律宾童子军上前两个敌军机关枪群，使用手榴弹令它们停止射击，及破坏了一梃高射机枪，他及后被授与荣誉奖章，战斗中只有377名日本士兵成功逃离。
本间雅晴将军在1942年2月8日命令停止进攻以重组其部队，但这不能立即实行，因为第16师团仍要支援其第20步兵团第3营，在付出更大伤亡下，第3营的残余、378名军官及士兵在2月15日被救出，2月22日，日本第14军向北后撤几公里，美国远东军重新占领一些曾被日军攻占的地区。
在尝试迂回菲律宾第1军及弧立美国远东军的指挥部后，日军第16师团第20步兵团第2营于1942年1月22日晚上在巴丹半岛南部西海岸实施登陆行动，由于美军PT-34鱼雷艇的骚扰，两艘驳船被击沉及其它的被分割成两部份，没有一艘可到达预定登陆海滩，在滩头阵地对抗日军的是菲律宾警察成员及被权充步兵使用的美国陆军航空军的伞兵，日军指挥官尝试增强其占领之滩头阵地但未突破防线，从1月23日–1月29日、1月22日–2月8日和1月27日–2月13日，，战斗分别在Lapay-Longoskawayan、Quinawan-Aglaloma及Silalim-Anyasan凶猛地展开，参加进攻的2,000名日军只有43人负伤撤回日军战线，这些战斗被称为"个别据点的战斗"。
1942年3月12日晚上，麦克阿瑟将军、其家人及数位美国远东军军官离开科雷吉多岛，登上4艘由约翰·邓肯·巴尔克利陆军中校指挥的PT-34鱼雷艇前往棉兰老岛，因为此次及之前4个月零8天的功绩，巴尔克利被授与荣誉勋章、海军十字勋章、杰出服役十字勋章及其它嘉奖。
麦克阿瑟最终到达澳大利亚，在这里他向菲律宾人民许下"我会再回去"的承诺，麦克阿瑟的离开表示美国远东军的完结，1942年3月22日，守军被重新命名为驻菲律宾美军及由乔纳森·梅休·温莱特四世陆军中将指挥。
当首次进攻巴丹半岛凡行动失败后，日军大本营派遣强大的炮兵部队到菲律宾以攻破美军的防线，他们共有190门大炮，包括更大型的火炮如150毫米榴弹炮彧罕见的96式240毫米榴弹炮，这种大炮只曾参加过巴丹半岛的战役，在日军中享负盛名的第1炮兵司令官部在北岛骥子雄指挥下亦被移至菲律宾与进攻部队一同指挥这些炮兵部队，加上日军大本营命令本间雅晴的日本第14军在3月底前结束战事，因此日军准备进行最后的大规模进攻。
4月3日早上9时至下午3时，整条阿布凯-莫邦防线遭到100架日军飞机及300门大炮的猛烈轰击，使萨马特山的防线变成地狱，在之后的3天(1942年的基督受难日至复活节)，日军第65独立混成旅团及第4师团的先头部队全力进攻在左翼的菲律宾第2军，在防线的每一处，筋疲力尽的美国及菲律宾守军被大批的日军坦克及步兵击溃。
根据之前两次的进攻经验，本间将军已预计最后之总攻击需要一个星期才能攻破阿布凯-莫邦防线及要一个月才能扫荡残余敌军，当进攻开始三天后，他在4月6日要求部队到达敌军预定反攻正面，日军的进攻集中在中路，剌入菲律宾第21师第22及第23团的侧翼，攻占了萨马特山及包围了整个菲律宾第2军，由美军及菲律宾童子军发动的反攻没有作用;只是第57步兵团稍有进展。
整条战线爆发全面战斗，菲律宾第1军连同身心交瘁的的第2军残余崩溃及掉队在后方，巴丹的指挥官们除与部份掉队者可连络外，与其部队完全失去连络，整个盟军防守瓦解及崩溃，所有道路塞满了难民及逃离的部队，1942年4月8日巴丹半岛美军高级指挥官爱德华·金陆军少将看见守军再进行抵抗已经毫无意义，提出投降协定条件。
第2天早上，1942年4月9日，金少将与日军经过数个小时的谈判，疲倦的、饥饿的及憔悴的美国及菲律宾守军在战事已经沉寂的巴丹半岛向日军投降。
美军及菲律宾军在巴丹半岛之投降导致之一个月后科雷吉多岛的陷落，但是，没有这次阻碍，日军将很快攻占美国在太平洋的所有基地，巴丹半岛阻延了日军的前进，为同盟国取得保贵时间以准备之后的战事如珊瑚海战役及中途岛战役，最终超过60,000名菲律宾及15,000名美军战俘被迫进行著名的巴丹死亡行军。
1944年9月7日，日军战舰神鹰号被美军白鲟号潜艇击沉;在神鹰号舰上的美军战俘中共有668人死亡及82人生还。
美国及菲律宾联军最终在1945年2月8日收复巴丹半岛。
