土耳其对抗威尼斯
在进行了一番精心准备工作之后，苏里曼二世于1570年4月派出使臣去威尼斯，要求威尼斯立即归还塞浦路斯岛，遭到威尼斯政府的断然拒绝。威尼斯政府当然清楚，土耳其的这个无理要求，实质上是苏里曼二世下的最后通牒，拒绝无异于“战争”一词，于是，威尼斯政府立即向所有基督教国家呼吁支援。但是，由于威尼斯经常倚仗自己是海上强国，指使其海军舰队经常欺辱沿海各国;再者，威尼斯是个共和国，与其他封建君主国家历来就有摩擦;而且，威尼斯以前曾经和土耳其缔结过同盟关系。这次威尼斯政府发出的呼吁书犹如石沉大海，响应者寥寥无几。
土耳其也清楚地看到了威尼斯有苦难言，众叛亲离的窘境，决定充分利用这一有利局势，迅速采取军事行动。
1570年7月，土耳其派出一支编有150艘战舰和50艘运兵船的舰队，由海军主将派里和马斯塔法指挥，在塞浦路斯岛的李马索尔登陆，并围攻尼科西亚。9月，尼科西亚守军全部被歼，该城沦陷。紧接着，土耳其军队调转矛头，直指法马古斯塔要塞。塞浦路斯总督布拉加地罗和军事指挥官巴格里昂决心死守危城，顽抗到底，他们共同指挥7000名守城将士与土耳其侵略军浴血奋战，击退了敌人的多次进攻。土耳其军队久攻不克，时值寒冬来临，只好偃旗息鼓，撤回国内过冬去了。
同盟军对抗土耳其
尼科西亚的悲惨结局，对整个基督教世界震动非小。他们清醒地认识到，土耳其帝国的最终目的，是要独霸整个欧洲，威尼斯充其量只是块跳板，而塞浦路斯岛只不过首当其冲。如果想要免除亡国的危险，所有基督教国家必须拧成一股绳，共同抵抗才行。
对于威尼斯政府的求救呼吁，唯一的响应者是教皇庇护五世。庇护五世是基督教首领中唯一有决心、行动快的人。他曾在会议上商议起草过基督教同盟宪章。庇护五世具有一定的战略眼光，所以能够认清基督教世界所面临的危险。他认为，若能重新获取地中海的控制权，就能够在战略上将土耳其帝国切分两段，其非洲省区就会与其欧、亚部分相分离，这样，就可以阻止土耳其向西欧的扩张。因此，他首先响应威尼斯政府的呼吁，并号召所有基督教国家联合起来，组织新的海上十字军，狠狠打击异教徒。
教皇庇护五世带头行动，自己掏腰包购置了12艘战舰，以此作为基督教国家联合舰队的基础，并且力图劝说西班牙国王菲力普二世也来参加他所谓的“圣战”。当时，西班牙正处于内忧外患之中，菲力普二世经过反复考虑，权衡利弊，才决定派出其西西里舰队加入教皇和威尼斯的联合舰队，并命令西西里和那不勒斯总督为联合舰队提供补给。
就在塞浦路斯岛上烽烟骤起，炮火连天之际，联合舰队实际上已经组建完毕，总计拼凑了200多艘舰船，全部集结于克里特岛的康地亚港，只是由于各方人士为指挥权问题争论不休，各图私利，因此在战争降临到塞浦路斯岛时，无所作为。
教皇庇护五世不得不亲自主持了一连串的军事会议，最后决定建立一个神圣同盟并达成一致协议，同意由西班牙国王菲力普二世的异母弟弟约翰为同盟军统帅，教皇庇护五世的海军将领柯伦拉为副统帅。同盟军的兵力为步兵5万人，轻骑兵4500人，快船200艘，其他战船1000余艘，以及许多火炮。
神圣同盟成立后，又签订了一系列条约，但缔约各国同床异梦，各怀鬼胎。比如，威尼斯希望利用同盟的力量夺回塞浦路斯岛，并敲掉土耳其在地中海东部的势力;西班牙则希望打掉土耳其在地中海西部的力量，并乘机肃清海盗;惟独教皇庇护五世一人满腔热情，专心一意。他始终认为，整个基督教世界都遭到了土耳其的威胁，而不仅仅是威尼斯或者西班牙两个国家的私事。
约翰英明指挥联合舰队
西班牙国王菲力普二世的异母弟弟约翰，原本是奥地利总督，他年轻气盛，智勇过人，不愧为帅才。正是靠着约翰的勇敢、果断和善于团结部下，才使心怀不一的同盟军联合舰队能够步调一致地发挥战斗力。
1571年6月6日，约翰自马德里启程，10天后到达地中海的重要军港巴塞罗那。西班牙海军将领安德拉德和克鲁兹侯爵已经在此集中好舰队，整装待发。6月20日，约翰随西班牙舰队出发，一周后到达热那亚。由意大利海军将领多利亚率领的意大利诸盟邦舰队在此与约翰一行会师。8月底，这支联合舰队途经那不勒斯港，到达各国舰队指定的汇合点。
同盟军副统帅、教皇的海军将领柯伦拉率领的教皇舰队和威尼斯舰队司令、75岁的老将费尼罗指挥的威尼斯舰队已经到此一个多月了。约翰立即同两位将领进行了会晤并相互交换了意见。
联合舰队的成员来自不同国家和盟邦，其风格习惯各不相同，加之排外情绪都比较浓厚，因此，打架、斗殴以至杀人事件屡见不鲜。一些舰队的官兵甚至抵制和反抗约翰的命令。约翰力排异议，采取果断措施，将各国和盟邦的海、陆军人员一律混合编制，极大地增强了联合舰队的作战能力。
现在，联合舰队的实力为：各式舰船300多艘，步兵8万多人，而且其中有3万人是经过接舷战训练的精兵。
约翰将所有兵力做了如下部署：指定柯尔格尼亚统一指挥陆上兵力。将联合舰队分为中央、右翼和左翼支队，另外还有前卫和后卫支队。中央支队由约翰亲自指挥，费尼罗和柯伦拉协助指挥，共有快船54艘;右翼支队由多里亚指挥，有快船53艘;左翼支队由巴尔巴里哥指挥，有快船64艘。前卫支队由卡尔多拉指挥，有快船54艘;后卫支队由克鲁兹侯爵指挥，有快船30艘。另有一些大船和运输船组成一个运输支队。全舰队还有炮舰6艘，两艘为一组分配给中央、右翼和左翼支队。全部小船则分别配属各个支队。
9月10日，约翰召集了作战会议，各位将领意见分歧，争执不休。最后，基督教徒们用掷骸子的方式取得“决战”的结果。然后，教皇的特派代表宣布举行隆重的誓师典礼，祈祷上帝保佑他们在战斗中取胜。
两支海军对峙勒潘多
9月15日，浩浩荡荡的基督教联合舰队从麦西拉港拔锚。10天之后，联合舰队来到科孚岛。在此以前，土耳其舰队曾采取军事行动，攻打科孚岛要塞，没能成功，因此已经撤往勒潘多湾。
约翰马上召集作战会议，决定立即北上追击敌舰队，并采取一切方法诱敌出战，聚而歼之。9月底，约翰率领中央支队的舰船，直扑阿尔巴尼亚海岸上的哥米尼查，并令费尼罗和柯伦拉迅速跟上。
10月3日，除去部分大船以外，联合舰队全部在哥米尼查集结，然后拔锚继续航行。两天后，海面上浓雾重重，当残阳沉入黑色的浪底时，约翰在旗舰“皇家”号上正式宣布命令：如果此战获胜，所有奴隶划桨手一律获得自由。立刻，舰队沸腾起来，恰巧一群白色的海鸥在舰队上空飞过，联合舰队全体将士不禁将其视作吉祥的象征，因此，欢呼雀跃，热闹非凡。
7日，联合舰队全速前进，赶到勒潘多。当一轮朝阳冉冉升起来时，海面上风平浪静，很难看出，这里正孕育着一场恶战。联合舰队已经完成了战前编组，数百艘舰船呈半圆形将土耳其舰队封锁在勒潘多湾。
土耳其舰队几乎同时也在进行调整部署，阿里巴沙担任总指挥，普尔陶、哈桑、西罗柯和乌尔齐各自率领分舰队，其阵容与联合舰队大致相同。土耳其海军统帅阿里巴沙将舰队摆成一个巨大的新月形，月牙的两尖顶住佩特雷湾南北两岸。他将舰队同样分成3个支队，他亲自指挥中央支队的87艘快船和8艘小船;乌尔齐指挥左翼支队的61艘快船和32艘小船;西罗柯指挥右翼支队的54艘快船和2艘小船。另有8艘快船和21艘小船作为预备队使用。一路上他们杀气腾腾，定要与异教徒们决一雌雄。
上午9时半，双方舰队逼近了。土耳其舰队统帅阿里巴沙惊奇地发现，联合舰队前面的6艘中船，比土军的任何一艘舰船都要大得多，就像威风凛凛的水上炮台一样，以严整的阵容扑过来，这让他心中有些发毛。部将普尔陶建议舰队后退，拉乱联合舰队追击的队形，然后寻找空隙杀一个回马枪。阿里巴沙二话没说，就下令立即进攻。
由于联合舰队和土耳其舰队都各分成三个独立的支队，各支队之中尚有一定距离，所以海战在三个战场分别打响。土耳其舰队的右翼和联合舰队的左翼最先交火。土军右翼刚刚进入联军左翼中船的火炮射程之内，中船火炮便开火了。密集而猛烈的炮火使得土军无还手的机会，而西罗柯支队开始混乱起来，如此强大的火力，远远出乎土军的意料之外。但是，土军舰队对勒潘多一带水浅礁多的水域特点和海岸线的情况比较熟悉，也深知联合舰队的中船入水深，因此奉命靠近岸边航行，在浅水域躲避中船的威胁。另外，土军还可借此机会迂回到联合舰队的后方，与火力稍差的快船和小船再做较量。可是，这一切都被联合舰队左翼支队的将领巴尔巴里哥看在眼里，他审时度势，果断地指挥左翼支队部分舰队，冒险拦截土军舰队的迂回舰只。由于水域太浅，中船不便靠前。还是有7艘土军舰船穿过联军舰队阵线与海岸间的空隙，而其余都被巴尔巴里哥截住。双方各种舰船混作一团，火炮轰鸣，飞箭如雨，血肉横飞，场面极为残酷。
巴尔巴里哥的旗舰与土军5艘战舰纠缠在一起，双方各不相让，矢石俱下，硝烟弥漫，突然，巴尔巴里哥被一颗飞弹击中眼睛，只得离开指挥位置，造成联军左翼一时的混乱。巴尔巴里哥的侄子康塔里尼立即接替指挥，但不幸马上又被炮弹击中。这时，另一位将领拉尼又立即接替康塔里尼指挥，稳住了军心和阵容，把土军右翼的所有舰只驱赶到了海岸边。土军放弃舰船，登陆逃命，联军的步兵紧紧尾随，结果土军全部被歼，无一艘土军舰船漏网，就连土军将领西罗柯在负伤之后，也做了俘虏。
就在联合舰队左翼支队交战半个小时后，中央支队的战斗也开始了。约翰已经把火力最强的6艘中船分配给左、中、右支队。这时，中央支队的2艘中船发扬了极有成效的火力，将土军阿里巴沙的编队打乱成若干个分散的集群。土军水兵拼命划桨，力求避开联军强大的炮火压制，靠近联军舰船，准备来一场接舷战。约翰则指挥舰队，保持着严整的阵容，缓缓向前。双方正面相对，距离越来越短。终于，一场惊心动魄的接舷战展开了。
阿里首先指挥旗舰向约翰的旗舰“皇家”号撞去，阿里的400名精兵立刻跳上“皇家”号，他们高呼口号，挥舞刀枪冲上前去，但马上就被“皇家”号上300名火炮手发射的子弹击退。阿里及时增补了兵力，并下令再次发动冲击，土军士兵在火枪齐射的掩护下，迅速将柏油、火箭抛到“皇家”号上，并燃起大火。双方士兵还互相投掷牛油、羊油，以使对方舰船甲板打滑，脚底不稳，从而减弱对方的战斗力。此时，勒潘多海面上杀声震天，烟雾浓浓。经过艰苦的反复冲杀，约翰的将士们打退了土军的又一次轮番冲击。
费尼罗及时向约翰的“皇家”号旗舰补充了生力军，因此，他指挥官兵向阿里的旗舰进行了两次反攻，但同样也被土军击退。肉搏战愈打愈烈，海面上飘满了舢板、断桨、大量的死尸和落水的伤兵，炽热的空气中充满了弹药和血腥气味，碧绿的海水已经被热血染红。
下午1时，双方越战越勇。联军将领柯伦拉一举击毁了土军普尔陶的座舰，并将其放火焚毁。接着，柯伦拉指挥自己的座舰向阿里的旗舰高速冲去。联军以压倒的优势兵力，踏上敌方旗舰，猛烈冲杀。土军统帅阿里被一颗弹丸击中，联军一名士兵立即割下了阿里的首级，并高呼：“阿里死喽!阿里死喽!”顿时，哭喊声响成一片，真是树倒猢狲散，土军听到统帅阵亡的消息，个个吓得魂飞魄散，军心瓦解，斗志全无。而此时的联军，却越杀越勇，势如破竹，终于，占据了土军旗舰，全舰剩余的官兵全部投降。至此，土军中央支队遭到全歼。
约翰的右翼由久斯提尼防守，他刚刚同土军交上手，就被乌尔齐打得惨败。乌尔齐俘虏了不少联军的船只，并且耀武扬威地把久斯提尼的座舰拖在其舰尾，继续发展进攻。
联军将领卡尔多从预备队中急忙调出8艘快船疾驰而来，赶去援救久斯提尼，但马上遭到土军16艘战舰的围攻。这是一场堪称勒潘多海战中最为激烈、最为壮观的战斗。联军无心恋战，急于前去增援久斯提尼，而土军则死死咬住不放，欲置联军这8艘快船于死地。只见战旗飘舞，弹丸呼啸，杀声震天，血肉横飞，联军终于寡不敌众，败下阵来，卡尔多身负重伤，其部下只剩了50人。特别是教皇捐献的“佛罗伦萨”号和另一艘 联军战舰“桑吉阿尼尼”号上的所有将领、水手以及划船的奴隶，被杀得一个不剩。
这时，多利亚也已经发现自己铸成的大错，急忙调头北上，赶回来参战。克鲁兹率领预备队剩余的船只早已赶到战场。与此同时，约翰的中央大军已获全胜，他立即抽派12艘快船赶来参战。土军乌尔齐看到这个态势，赶紧悬挂起缴获的联军战旗，率领剩下的16艘舰船，在浓重的海雾和夜幕掩护下，逃回勒潘多湾。
夜深了，天气越来越恶劣，约翰根据情况，放弃了继续追赶的计划，统帅联合舰队开入皮塔拉港抛锚避风。勒潘多海战胜利结束了。
据统计，在这次作战中，联合舰队共击毁土耳其舰队舰船113艘，俘获117艘，缴获火炮274门以及无数金银财富和细软，击毙土军将士3万人，俘虏8000人，使土耳其舰队几乎全军覆没。而联合舰队只损失舰船12艘，被俘1艘，死伤1.5万人。约翰兑现了战前的宣言，1.5万名基督教奴隶划桨手全部获得自由。
勒潘多海战大捷的喜讯迅速传遍欧洲，基督教徒们欢喜若狂。
海战的胜利，打破了土耳其不可战胜的神话，使基督教世界重新振作起来，同时，也掀起了自第一次十字军东征获胜之后从来不曾有过的狂热的宗教热。罗马教皇决定，把这次胜利作为永久性的节日来祝贺和纪念，从此相沿成俗，保留至今。这次以奥斯曼土耳其帝国海军与西欧基督教国家联合舰队之间展开的海战，规模巨大，场面壮观，厮杀激烈，异常残酷。其主要特点是：作战部署比较严密;规模较大，场面惊人;火力战、冷兵器战、接舷战并用，战斗异常激烈、残酷，实为以往海战所少见。
