增值税专用发票的认证方式有三种，分别是：
一、网上平台勾选认证。
（一）登录。纳税人使用可以连接互联网的电脑，在USB接口插入金税盘或者税控盘，登录增值税发票选择确认平台。
（二）确认完善信息，设定平台密码。确认和填写企业的基本信息，并选择是否设置平台密码及找回问题。
（三）勾选并保存。通过“发票勾选”或“批量勾选”模块，根据需要选择发票进行勾选操作，并保存。
（四）手工数据确认。纳税人需要在每个税款所属当期对已勾选保存未确认的数据进行确认操作，且每期可以进行多次勾选、多次确认。
（五）数据汇集和抵扣统计。纳税人可以实时通过抵扣统计模块查询当期已认证的所有发票数据，作为当期进行申报抵扣的依据。
二、通过自助办税终端扫描认证；
三、税务大厅窗口人工认证。
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法律依据

《增值税专用发票使用规定》第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。