食品经营许可证过期了需要及时去延期补办，过期后如果长时间不补办，证件会失效，如不作出方案去处理还继续使用，一旦被工商查到，轻者罚款5千—1万不等，重则公司停业整顿，证件将无任何用处。
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法律依据

《食品经营许可管理办法》第九条 申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。

企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。

机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。