医疗纠纷调解后有异议的处理办法是：当事人可以直接向人民法院提起诉讼或者与医疗机构自行和解。根据医疗事故处理条例的规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。

法律依据

《医疗事故处理条例》第四十六条

发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。