法律依据不同：软件著作权保护主要依据著作权法和计算机软件保护条例，专利的保护主要依据专利法、中华人民共和国知识产权法。价值不同。软著是对作品的外在表现形式进行保护，专利是对技术的功能，性能等进行保护。对于相同的软件，著作权的价值远小于专利的价值。