保理合同纠纷可以首先由发生纠纷的合同双方当事人之间协商处理，如果是对主要的纠纷事项无法协商达成一致的，此时可以请求人民调解委员会或者是具有调解职能的行政机关居中调解，之后还可以向仲裁机构申请仲裁或者是向人民法院起诉。
【温馨提示】若您有相似法律问题，细节、证据不同，答案也会不同，建议咨询律师，仅需3~15分钟获得专业解答！