分居三年了不可以自动离婚。法律上没有夫妻可以自动离婚的规定，离婚的方式只有协议离婚和起诉离婚两种。协议离婚的，夫妻双方达成离婚意见，亲自去民政局办理离婚手续即可。诉讼离婚的，需要原告携带身份证，结婚证，起诉状去法院立案。