合法。劳动者的工资只要不低于当地最低工资标准的，即为合法。工资计算方式由用人单位与劳动者进行协商。用人单位的规章制度没有违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，违反公司规定扣工资的不违法。

法律依据

《劳动法》第四十七条，用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。

《劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。

用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。