通过微信发工资是不合法的，当双方发生劳动争议时，通过微信发工资的形式难得到法律的承认。
【法律依据】
《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动争议调解仲裁法》第三十九条规定，当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。
劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。