一、目的的不同，计算机软件著作权登记属于权利上的登记，目的在于确权，软件产品登记目的在于投放市场；
二、负责管理和登记的部门的不同，计算机软件著作权登记部门为中国版权保护中心，国内软件产品登记由各省市软件行业协会予以受理和认定；
三、保护期限的不同。法律依据
《计算机软件著作权登记办法》第二十八条，申请软件登记或者办理其他事项，应当交纳下列费用：
（一）软件著作权登记费；
（二）软件著作权合同登记费；
（三）变更或补充登记费；
（四）登记证书费；
（五）封存保管费；
（六）例外交存费；
（七）查询费；
（八）撤销登记申请费；
（九）其他需交纳的费用。
具体收费标准由国家版权局会同国务院价格主管部门规定并公布。