公司扣押离职员工工资不合法。
双方在解除或者终止劳动合同时，用人单位应当一次性支付员工的工资，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请发出支付令。

法律依据

《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

《劳动合同法》第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

《劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。