补充借贷合同的协议有效。补充协议与原借款合同一样都具有法律效力。如果两份合同产生矛盾的，以时间在后的约定条款为准执行。因为如果以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
《民法典》第六百六十八条，借款合同应当采用书面形式，但是自然人之间借款另有约定的除外。借款合同的内容一般包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。
【辟谣】
问：借款协议补签合法吗？
答：借款协议事后补偿是可以的，只要协议符合合同生效的形式要件和实质要件，就具有法律效力。
【提醒】
问：补充协议的含义是什么？
答：补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条、第六百六十八条