办理南京公积金代扣，一般流程如下：
首先，职工需与单位签订《委托逐月提取住房公积金及住房补贴归还公积金贷款协议书》。
然后，单位将相关信息录入公积金系统，并向公积金管理中心提交申请。
在审核通过后，公积金管理中心会按照约定在每月固定日期从职工的公积金账户中代扣相应金额用于归还贷款。
需要注意的是，办理代扣前要确保公积金账户余额充足，且符合代扣的相关条件，如贷款状态正常、缴存情况正常等。如遇特殊情况导致代扣失败，应及时了解原因并解决。

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