公司违规克扣员工垫资涉嫌违法。
公司与员工的合作协议中明确规定，双方应按约或合理方式报销或偿还款项。
从法律层面上，此举可能侵害员工财产权利。
根据合同法，公司有责任恪守诚信原则履行相关承诺。
倘若不慎遇到此类问题，请务必保管好相关证据，如发票、支付证明等。
随后积极与公司协商，争取其给出合理的解释和处理办法。
若谈判无效，可考虑向劳动监管机构举报，或提出劳动仲裁申请，以保障个人权益不受损害。

以上是律师的法律建议，如有疑问，欢迎进一步咨询。