对于此类情况，需依实际情况进行分析。
若该证件为员工从事本职工作所必需，且其支付责任归属于用人单位，则从员工薪资中扣除就显得不合规。
然而，如事先已与员工达成明确、合法协议（如员工自愿承担部分或全部相关费用），且该安排既未触犯法律规定亦无悖社会公序良俗，那么此时扣除相应款项便未必违法。
再者，还需关注扣除金额是否合理。
若扣除后员工所得薪酬低于当地最低工资水平，同样属违规行为。
总而言之，判定此举是否合规，关键在于扣款是否具备合法依据及协议支持。

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